AMLO propuso eliminar los organismos autónomos como el Instituto Nacional de Acceso a la Información y Protección de Datos Personales INAI lo que ha generado polémica, sin embargo el presidente mantiene su postura y la defiende, diciendo que “tener transparencia no significa que haya un aparato burocrático para este objetivo”. 
Este día mencionó que se llevará a cabo un análisis minucioso “de lo que más conviene” en este tema e incluso aseguró que el INAI “se creó para la transparencia y no hubo transparencia. Se reservaban los asuntos que no les convenía que se supieran”.
Además mencionó ejemplos sobre ocasiones en que se ocultaron documentos, señaló que durante el sexenio de Vicente Fox se mantuvo en reserva la condonación de impuestos a grandes empresas, también señaló que “el expediente de Odebrecht lo reservaron, lo guardaron, no se transparentó y esto fue una decisión del instituto de la transparencia”.
También mencionó que estos organismo autónomos “son como tapaderas, son como organismos alcahuetes, así como hay intelectuales alcahuetes del régimen que justifican todo, para eso se crearon y además cuestan mucho. No sirven, no benefician al pueblo, pero sí cuestan mucho para mantenerlos”.
Aseguró que mantener al Instituto de la Transparencia se necesitan “como 1,000 millones de pesos”, mientras que para el Instituto Federal de Telecomunicaciones “como 1,500 millones de pesos”.
Cabe mencionar que recientemente, organismos de la sociedad civil se pronunciaron en contra de esta iniciativa y aseguraron que eliminar este tipo de organismos representaría “un grave retroceso en materia de derechos humanos en México”.