El establecimiento del Tribunal de Disciplina Judicial ha generado preocupaciones entre jueces federales en México, quienes temen que este nuevo órgano se convierta en un mecanismo de represalias o censura para aquellos que emitan fallos que no sean bien recibidos por el poder político. Durante una conferencia matutina del Poder Judicial de la Federación, los magistrados expresaron sus críticas, señalando que el enfoque del tribunal parece ser más policial que administrativo o regulatorio.
El magistrado Juan José López Olvera argumentó que este tribunal dará a los "jueces de jueces" la autoridad de revisar decisiones de otros jueces, no con la intención de modificar o revocar fallos, sino para sancionar a los juzgadores, lo que podría crear un clima de miedo y autocensura. Destacó que el Consejo de la Judicatura Federal ya se encarga de supervisar al Poder Judicial y de tomar medidas disciplinarias cuando es necesario.
Por su parte, el magistrado José Rogelio Alanís enfatizó que la supervisión constante por parte del tribunal afectará la autonomía de los jueces. Al haber una presión por la posible opinión destructiva del tribunal sobre sus decisiones, los jueces podrían inclinarse a favorecer ciertos intereses en sus fallos, lo que afectaría la igualdad ante la ley y vulneraría los principios fundamentales de la República.
Ambos magistrados expresaron que el tribunal podría distorsionar las relaciones entre las partes en un juicio, favoreciendo a aquellos cuyos intereses coincidan con el poder político, lo que socavaría la igualdad y la justicia. La creación del Tribunal de Disciplina Judicial, según estas críticas, podría tener repercusiones negativas en la independencia y en el funcionamiento del sistema judicial mexicano.