Los jueces federales de México han manifestado su preocupación por la creación del Tribunal de Disciplina Judicial, señalando que podría convertirse en un instrumento de represalia en contra de magistrados que tomen decisiones impopulares o que desafíen al poder político. Durante una conferencia del Poder Judicial de la Federación, el magistrado Juan José López Olvera enfatizó que el enfoque del tribunal parece ser más represivo que regulatorio, sugiriendo que este órgano podría revisar las decisiones de los jueces con la intención de sancionarlos en lugar de enmendar errores.
López Olvera recordó que el Consejo de la Judicatura Federal ya tiene la responsabilidad de supervisar y administrar el Poder Judicial, y que este consejo ha realizado acciones disciplinarias cuando ha sido necesario. Por su parte, el magistrado José Rogelio Alanís advirtió que la naturaleza del tribunal implica una supervisión constante sobre los jueces, lo cual generaría presión para que estos consideren las opiniones del tribunal en sus fallos, comprometiendo así la igualdad ante la ley y la independencia judicial. Alanís subrayó que esta situación podría conducir a una desigualdad entre las partes en un juicio, afectando no solo a los jueces, sino también al principio de igualdad que sostiene una república.