Al presentarse la pandemia, no sólo las zonas urbanas se encuentran en niveles altos de contagios, también gran parte de las regiones rurales de México se han visto afectadas.
Al cierre del 2020 el 84.6% de los municipios indígenas registró presencia del Covid-19, de acuerdo con la información presentada por el Coneval

Consejo Nacional de Evaluación de la Política de Desarrollo Social

se observa que estas comunidades son un foco rojo constante desde que inició la pandemia; pues las zonas indígenas siguen una tendencia inestable de contagios.
El último corte de fin de año, el municipio indígena que presentó mayor presencia de coronavirus fue Valladolid, Yucatán con 2,038 casos acumulados, a demás, ésta es la única localidad indígena que tiene más de 20 casos activos.
Tan sólo 159 municipios en todo el país no han presentado contagios, pues la mayoría de ellos se encuentra en zonas de alta marginación en Oaxaca, razones por las que el coronavirus no ha alcanzado a estas comunidades que se encuentran aisladas, desde antes de la pandemia, están en zonas montañosas, de baja densidad poblacional y con acceso limitado a carreteras pavimentadas y otros servicios básicos.